木瓜树公树，不结果，但可以在茎头上砍它几刀，它会变性为母树，母树能结果。
木瓜的花性比较复杂。雄花不结果,有雌雄均衡的两性花和偏雌性和偏雄性的两性花，它们发育成不同的果实。木瓜树分雌性,雄性,和雌雄同株。雌株的花蕾直接由叶柄基处开出来,花朵颇大,基部圆圆的,有五片花瓣。雌雄同株木瓜树的花朵体积是比雌株小,却比雄株的大。雌雄同株花朵是自授花粉,长出的木瓜也多。
