耗氧，降低水中溶解氧含量；产生过多亚硝酸和硝酸，促使水质酸化；硝氮（硝酸根）产生过多，容易使鱼缸爆藻；硝酸根浓度过大，使鱼产生盐分毒害等几个方面。
硝化细菌是好氧菌，无论是亚硝化反应，还是硝化反应，都需要氧气参与。因此，硝化细菌加多了，自然会大量消耗水中的氧气。鱼也是需要氧气的，特别是高氧鱼，对氧气的需求更大。而一定温度下，水中溶解的氧气总量是有限度的，由此形成硝化细菌和鱼对氧气的竞争关系。
