1、有些蓝绿藻的代谢物具有毒性，当其代谢物累积浓度较高时，对鱼只会产生毒性反应。另外，这类蓝绿藻的残骸分解之后，通常都产生毒素，直接影响水质，不利鱼只生存。但也有许多其它品种的蓝绿藻对鱼只无害。
2、蓝绿藻的繁殖力非常强，它们会覆盖在水面上，阻止氧气在水中的溶解使水中的鱼没有充分的氧气而窒息死亡很难消灭它们，因此特别具有威胁性。
