股份制企业破产后进行清算的方式如下：
1、成立清算组；
2、破产企业的全面接管；
3、破产企业的财务审计；
4、破产财产的清理、清算；
5、制定破产财产分配方案；
6、制定破产清算报告。
根据《公司法》第一百九十条：公司被依法宣告破产的，依照有关企业破产的法律实施破产清算。
