零钱通的实质是货币基金理财，货币基金类的理财产品收益率是会波动的，基金公司不保证最低投资收益，也不保证本金一定不会亏损，所以将资金转入到零钱通中，从理论上来讲，是存在亏损本金的可能性的。
不过由于货币基金一般都是投资于银行存款、央行票据、商业票据、国债等有价证券，因此零钱通本金发生亏损的可能性是非常小的。
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