工程合作承包协议不违反法律，就有效。
【法律依据】
《中华人民共和国建筑法》第十二条，从事建筑活动的建筑施工企业、勘察单位、设计单位和工程监理单位，应当具备下列条件：
(一)有符合国家规定的注册资本；
(二)有与其从事的建筑活动相适应的具有法定执业资格的专业技术人员；
(三)有从事相关建筑活动所应有的技术装备；
(四)法律、行政法规规定的其他条件。
