凌晨三点鸡叫了是公鸡打鸣，是一种生物本能。公鸡的大脑里有一个分泌褪黑素的松果体，当太阳升起，褪黑素水平下降就会叫。其次公鸡打鸣是为了宣示领土和家庭主权。
改变了光照和黑暗的周期时，公鸡表现出了如同人们跨大时区飞行后的时差现象。这是由于鸡的生物钟，就如同人的生物钟一样，受到夜晚（黑暗中）时分泌的褪黑素影响。同时，公鸡打鸣和鸡的雄激素也有关，阉鸡和母鸡不会打鸣正是由于它们没有雄激素，如果给母鸡注射雄激素，母鸡也会开始打鸣。
