艾灸香薰烟有抗菌、净化空气和消毒作用，它对各种病毒（如肺病毒、疱疹病毒、流行性毒感病毒等）都有杀菌作用，可以驱逐病菌和害虫，然而它对人体无毒无害。
但有传欧洲产艾叶或有害物质污染等各种公害多发地域出产的品质差的艾叶有毒性。所以建议不要在过于密闭的室内进行太长时间的香薰艾灸，随时换气，空气流通，这样最好。
