目前以纤维素为原料生产单细胞蛋白饲料的工艺中，原料一般要经过预处理,包括粉碎和用化学物质处理，然后洗去多余的处理剂，再加适量的其他营养物质，再行发酵。生产工艺大致可以概括为两种类型，一种是液态发酵，生产单细胞蛋白纯品;另一种是半固态发酵，最后把单细胞蛋白和未发酵剩余的基质一 起混合收获，这种工艺只能用于饲料生产。
