珍珠鱼雌雄鉴别方法是：雄鱼背鳍，臀鳍均较长，末端呈尖形；雌鱼背鳍、臀鳍相对较短，末端成圆形，性成熟的雌鱼腹部较膨胀。
珍珠鱼的雌雄一般在饲养5个月后才容易区别。雄鱼背鳍、腹鳍均长而飘逸，鳍边末端较尖；雌鱼的背鳍、腹鳍相对较短，鳍边末端钝圆，身体略小，腹部较膨胀。
繁殖期间雄鱼的下颚至鱼腹部均呈现出艳丽的橘黄色或大红的“婚姻色”，美丽眩目，而雌鱼则不同，身体色彩浅淡，不及雄鱼美艳可爱。
